Masa Bertahan dan Penegakan (1948 s.d 1949)
Eksistensi persandian terbukti di tengah Perang Kemerdekaan II. Dinas Kode melalui CDO (code officer) memfasilitasi komunikasi bersandi antara pemerintah RI di Yogyakarta, Pemerintah Darurat Republik Indonesia (PDRI) di Bukittinggi, dan Perwakilan RI di New Delhi.
Masa Pemantapan (1949 s.d 1950)
Seusai Perang Kemerdekaan II, Pemerintah Pusat RI di Yogyakarta beserta instansi terkait berangsur-angsur pindah ke Jakarta.
Persandian tetap berjalan dengan statusnya yang berubah-ubah. Dinas Kode berubah nama menjadi Djawatan Sandi.
Masa Pengembangan (1950 s.d 1986)
Berdasarkan Surat Keputusan Presiden Nomor 7 tahun 1972, Djawatan Sandi berubah menjadi Lembaga Sandi Negara (Lemsaneg). Lemsaneg saat itu melaksanakan fungsi mengoordinir, mengatur, dan menyelenggarakan hubungan persandian secara tertutup dan rahasia antara aparatur negara baik di pusat, daerah, maupun hubungan persandian ke luar negeri.
Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN)
Sesuai amanat Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 53 tahun 2017 Lemsaneg bertransformasi menjadi BSSN yang merupakan gabungan dari Lemsaneg, Direktorat Keamanan Informasi Kominfo, dan Id-SIRTII. Pada tahun 2021 melalui Perpres No. 28 Tahun 2021 dilakukan penataan organisasi Badan Siber dan Sandi Negara.***