Dia pernah menjabat sebagai Rektor Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta, pada masa jabatan 1998-2006.
Baca Juga: Cek Fakta, Jokowi Siap Dampingi Ganjar Jadi Wakil Presiden di Pilkada 2024
Pada 2006, posisinya sebagai Rektor resmi digantikan oleh Prof. Dr. Komaruddin Hidayat.
Selain itu, pada tahun 2010, dia memperoleh titel Commander of the Order of British Empire, yakni sebuah gelar kehormatan dari Kerajaan Inggris dan menjadi 'Sir' pertama dari Indonesia.
Tujuh tahun kemudian (2017), Azyumardi Azra mendapatkan Orde Matahari Terbit: Kelas Bintang Emas dan Perak (Order of Rising Sun: Gold and Silver Star) yang merupakan tingkat tertinggi tanda jasa itu, dari Kaisar Jepang saat itu, Akihito (Heisei).
Orde Matahari Terbit adalah tanda jasa pertama yang dianugerahkan Jepang pada 1876 sewaktu Kaisar Meiji, kaisar yang mencanangkan Restorasi Meiji tahun 1868 bertakhta.
Pada 2022, Azyumardi terpilih menjadi Ketua Dewan Pers periode 2022-2025.
Azyumardi Azra memulai karier pendidikan tinggginya sebagai mahasiswa sarjana di Fakultas Tarbiyah IAIN Jakarta pada tahun 1982.
Kemudian atas bantuan beasiswa Fullbright, dia mendapakan gelar Master of Art (MA) pada Departemen Bahasa dan Budaya Timur Tengah, Columbia University tahun 1988.